Universidade Federal de Mato Grosso (UFMT). Primeiro parceiro do projeto e interlocutor científico de proximidade, a UFMT participa dos trabalhos científicos realizados na fazenda em áreas tão diversas quanto silvicultura, ciências florestais, ecologia dos vertebrados, entomologia, ciências do solo, etc. Até agora o projeto já acolheu cerca de quarenta estudantes e professores da Universidade no âmbito de programas de pesquisa, sem contar as classes realizadas em campo que todos os anos deslocam cerca de quarenta alunos e vinte professores até a fazenda São Nicolau.
Desde 2001, a ONF Brasil, empresa brasileira, responsável da implementação do projeto na fazenda São Nicolau, tem firmado um convênio guarda-chuva de parceria com a Universidade Federal do Mato Grosso (UFMT). Esse convênio tem como objetivo de organizar os trabalhos que estão desenvolvidos na fazenda pelos estudantes e pesquisadores da UFMT em vários domínios científicos. Até agora a parceria se concretizo mais particularmente com o Departamento de Física, a faculdade de engenharia florestal, o Instituto de Biociências, a Faculdade de agronomia e de medicina veterinária e o Herbário.